Johannes Janssen war einer der Hauptvertreter der ultramontanen Geschichtsschreibung und galt im 19. Jahrhundert als bedeutendster katholischer Historiker. In seinem Hauptwerk, Die Geschichte deutschen Volkes seit dem Ausgang des Mittelalters, 8 Bde., Freiburg, 1878– 1894 zeigte er sich als entschiedener Gegner der lutherischen Reformation. Er versuchte nachzuweisen, dass die Protestanten für die gesellschaftliche, politische und konfessionelle Ruhelosigkeit in Deutschland während des 16. und des 17. Jahrhunderts verantwortlich gewesen wären. Seine Auffassung führte zu zahlreichen Kontroversen, u. a. mit August Ebrard, Max Lenz und Hermann Baumgarten. In den Debatten wurde die wissenschaftliche Sachlichkeit durch die leidenschaftliche Erregung, die der Zeit des Kulturkampfes eigen war, überschattet. Das galt für die Geschichtsschreibung beider konfessionellen Lager in gleichem Masse. Trotz mancher einseitigen Tendenzen in seinen Arbeiten ist die Bedeutung von Janssens Werk nicht in Abrede gestellt worden. Die zahlreichen Auflagen, die selbst Leopold von Ranke nicht erreichte, bestätigen seinen lang anhaltenden Einfluss eindrucksvoll. Janssen hat in der deutschen Historiographie einen besonderen Stellenwert, weil er – vor Karl Lamprecht – der Erste war, der eine Art Sozialgeschichte verfasste. Ihm ging es um die Darstellung der negativen Folgen der Reformation.