Die Kleinere Chronik der Äbte von St. Gallen ist das Kernstück im historiographischen Werk des St. Galler Humanisten und Politikers Joachim von Watt, genannt Vadian. Im Frühjahr 1545 bat der Zürcher Geschichtsschreiber Johannes Stumpf den St. Galler Gelehrten Vadian um Mitarbeit an einer umfassenden Schweizerchronik. Dieser sagte zu und verfasste in kurzer Zeit eine Chronik des Klosters und der Stadt St. Gallen sowie grundlegende Abhandlungen zum historischen und geographischen Umfeld. Die Kleinere Chronik der Äbte entstand 15 Jahre nach der Grösseren Chronik. Sie unterscheiden sich in verschiedener Hinsicht. Während sich die Grössere Chronik auf die Zeit von 1200 bis 1491 beschränkt, beginnt die Kleinere Chronik mit einer völlig neu erarbeiteten Geschichte von 720 bis 1200 und schliesst mit einer Skizze der Ereignisse von 1491 bis 1532. In der Grösseren Chronik ging es Vadian vor allem um die Rechtfertigung der Verselbständigung der Stadt gegenüber dem Kloster; er ergriff bewusst Partei und wurde nicht selten polemisch. In der Kleineren Chronik dagegen schrieb er eine Kloster- und Stadtgeschichte als Beitrag zu einer umfassenden Schweizerchronik, die sich an eine eidgenössische Leserschaft über die konfessionellen Grenzen hinweg richtete. In der Größeren Chronik befasste sich Vadian auch mit der eidgenössischen und der abendländischen Geschichte. In der Kleineren Chronik hingegen konzentrierte er sich auf das Kloster und die Stadt St. Gallen.
Grundlegend neu ist die Darstellung der Frühgeschichte. Vadian legt darin in deutscher Sprache vor, was er bereits 1537 in einer lateinischen Abhandlung mit dem Titel 'Farrago antiquitatum de collegiis et monasteriis Germaniae veteribus' in bahnbrechender Weise erarbeitet hatte: eine auf die früh- und hochmittelalterlichen Urkunden des Klosterarchivs abgestützte quellenkritische Untersuchung der St. Gallischen Frühzeit. Diese zukunftsweisende Geschichtsforschung beinhaltete die Beachtung der Geographie als notwendige Voraussetzung für das Verständnis der Geschichte und den Wandel als Wesenszug des Geschichtsverlaufs. Neu ist auch
Vadians Bemühen, die Orthographie seiner Darstellung der deutschen Schriftsprache anzugleichen, entsprechend dem Wunsch des Zürcher Verlegers nach möglichst breiter Akzeptanz der Stumpfschen Chronik, die 1548 im Druck erschien.
1549 erfolgte eine vom Autor autorisierte Abschrift der Kleineren Chronik der Äbte, eingebettet in die Vorgeschichte seit dem heiligen Gallus sowie den Abhandlungen über die Stadt St. Gallen und das Bodenseegebiet. Dieser Text wurde vielfach kopiert und bestimmte auf Jahrhunderte das St. Gallische Geschichtsverständnis.