Die Geoökologie ist eine holistische Wissenschaft, deren Gegenstände Geoökosysteme und ihre Abbildungen in der Realität aller Raum-Zeit-Strukturen der Geosphäre sind. Sie werden mit Hilfe von Inventar-Prozess-Strukturanalysen auf Systemstabilität und Systemveränderung untersucht und für Handlungsmaxime definiert.
Auf der Grundlage disziplinärer Erkenntnisse der ökologischen, sozioökonomischen, mathematischen, Natur- und Politikwissenschaften werden durch die wissenschaftsspezifische Methodik und Analytik der Geoökologie die stofflichen, energetischen, funktionalen, prozessualen und gesellschaftlichen Zusammenhänge der Veränderung der Umwelt analysiert, prognostiziert und mit Hilfe von Computer-Simulationen und -Animationen dargestellt. Der gesellschaftliche Auftrag der Geoökologie besteht in der Ausarbeitung von Vorschlägen für die Erhaltung der Lebensgrundlagen und die Verbesserung der Umweltqualität.